O local em que a água doce dos rios se encontra com a água salgada dos mares chama-se estuário. Existem naturalmente estuários de dimensões muito distintas, mas de uma forma geral, eles propiciam o aparecimento de uma rede complexa de habitats extremamente ricos. A deposição de sedimentos trazidos pelos rios conduz, frequentemente, ao aparecimento de extensas zonas de lamas que ficam expostas durante a baixa-mar. Nestes locais, a fauna bentónica, que vive presa ao fundo, serve de alimento a bandos de milhares de aves. Uma das maiores dificuldades com que os seres vivos se confrontam nos estuários, está relacionada com as alterações da salinidade deste meio. A salinidade da água varia, não só ao longo do dia com as marés, mas também ao longo das estações, em função do maior ou menor caudal dos rios. As águas abrigadas dos estuários servem também de maternidade para inúmeras espécies de peixes.
É também nos estuários que surgem frequentemente os sapais, que são zonas de vegetação rasteira, constituída por espécies tolerantes à salinidade da água que as banha duas vezes por dia. É esta água que traz os nutrientes e que torna este biótopo um dos mais produtivos do mundo, ultrapassando mesmo as florestas tropicais.
Nas regiões tropicais não existem biótopos com as características dos sapais das regiões temperadas, mas em contrapartida existem os mangais. Os mangais são formados por diferentes espécies de árvores, que se desenvolvem em sedimentos livres da acção das ondas. Elas possuem raízes características, que crescem acima do solo e que durante a preia-mar retêm os nutrientes trazidos pela água. Também os mangais são habitats altamente produtivos.
A grande maioria da população mundial vive na orla costeira, e a pressão da indústria e do turismo afectam particularmente estes meios ecologicamente tão importantes, que são os biótopos de transição entre os meios marinhos e terrestres. Ainda que a acção das marés vá subsistir, pelo menos durante a existência do sistema solar tal como o conhecemos, o mesmo não se poderá afiançar quanto ao equilíbrio da orla marítima, que tanto tem sofrido com descomunais erros de ordenamento. Por outro lado, os habitats intertidais (entre marés) são particularmente sensíveis à poluição das águas. A merecida salvaguarda destes habitats depende, por isso, de uma drástica inflexão nas políticas de ordenamento do território e gestão dos resíduos.
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