No entanto, esta zona enfrenta um elevado número de problemas de natureza bastante diversa e cuja responsabilidade se divide por portugueses e espanhóis. As inúmeras mini-hídricas construídas por estes últimos ao longo do Rio Minho para aproveitamento hidroeléctrico, impedem o ciclo de vida de espécies aquáticas migradoras extremamente ameaçadas, como é o caso do salmão (Salmo salar).
O lado espanhol é também o grande responsável pela degradação da qualidade da água do rio Minho, uma vez que não possui um sistema eficiente de tratamento dos efluentes provenientes das diversas indústrias existentes ao longo do curso deste rio.
Por seu lado, os portugueses são responsáveis por uma acção que alterou drasticamente a dinâmica natural do estuário do Minho. Procederam à escavação de um corredor para a travessia do “ferry-boat” que liga Caminha a La Guardia, o que resultou no assoreamento da sua foz, com graves problemas para os pescadores que, na sua faina diária, têm que alcançar o mar.