Sapais, bancos de areia, juncais, uma enorme mancha de caniçal, galerias ripícolas extremamente bem preservadas (que por vezes formam bosques mistos) de amieiro (Alnus glutinosa), salgueiro (Salix sp.), freixo (Fraxinus angustifolia) e sanguinho-de-água (Frangula alnus), carvalhais (Quercus robur), manchas de pinheiro-bravo (Pinus pinaster) de grande porte e campos agrícolas, permitem a ocorrência de um número bastante elevado de espécies faunísticas, algumas delas muito importantes do ponto de vista conservacionista.
O lagarto-de-água (Lacerta schreiberi), a rã-ibérica (Rana iberica), o discoglosso-ibérico (Discoglossus galganoi) e a lontra (Lutra lutra) são comuns neste magnífico local. É ainda de salientar a ocorrência de visão-americano (Mustela vison), uma espécie oriunda da América do Norte e introduzida acidentalmete na região por fuga de quintas de criação em Espanha. Ao que parece a espécie é bastante abundante, desconhecendo-se totalmente o seu impacto na fauna autóctone da região.
A importância desta zona a nível nacional é totalmente comprovada quando se analiza o grupo das aves. Nidifica aqui pelo menos um terço das mais de 150 espécies com ocorrência confirmada no local, algumas delas de distribuição localizada em Portugal, como a garça-vermelha (Ardea purpurea), a felosa-unicolor (Locustella luscinioides) e o dom-fafe (Pyrrhula pyrrhula).
Desde o final do Verão até meados da Primavera, o extenso caniçal e as zonas de vasa são utilizadas por muitas espécies de aves aquáticas, especialmente patos e limícolas. A região é, não só local de passagem de milhares de indivíduos durante a época de migração (segundo Farinha e Trindade (1994) ocorrem aqui cerca de 20 espécies cuja ocorrência em Portugal é acidental, rara ou pouco comum), como também uma importante fonte de alimento e refúgio para aves que aqui passam o Inverno.