Finalmente, pode também ocorrer uma grande acumulação de toxinas (produzidas pelas cianobactérias) e de parasitas, o que pode produzir fortes impactos ao nível da saúde pública.
A produtividade acelerada que advém da eutrofização é desejada e mesmo encorajada por certas populações humanas que têm em vista o aumento da produção de fontes proteicas para consumo (por exemplo, o aumento da produção de algumas espécies de peixes). No entanto, nas culturas ocidentais a eutrofização é menos desejável porque os lagos são utilizados prioritariamente para abastecimento de água para utilização doméstica e industrial ou para fins recreativos, havendo uma grande necessidade de a controlar.
A comunidade científica tem tentado encontrar soluções para o problema da crescente eutrofização que se tem verificado em inúmeros corpos de água de todo o mundo. Uma das soluções que se tem demonstrado altamente funcional é a biomanipulação. Esta consiste em controlar os organismos que vivem nos corpos de água, assim como dos seus habitats, e na utilização das suas relações tróficas para reduzir a biomassa de algas.