A eutrofização pode ser natural ou consequência de actividades humanas. Quando a origem é natural, o sistema aquático torna-se eutrófico muito lentamente e o ecossistema mantém-se em equilíbrio. Geralmente a água mantém-se com boa qualidade para o consumo humano e a comunidade biológica continua a ser saudável e diversa. Quando, pelo contrário, a eutrofização resulta de actividades humanas, há um aceleramento do processo, os ciclos biológicos e químicos podem ser interrompidos e, muitas vezes, o sistema progride para a um estado essencialmente morto.
A eutrofização induzida pelo Homem desenvolve-se rapidamente devido a fontes de nutrientes geradas pelas actividades humanas. As fontes mais comuns são as escorrências dos campos agrícolas (que são muito ricas em nutrientes devido à utilização de fertilizantes), os efluentes industriais, os esgotos das áreas urbanas e a desflorestação. Todas elas provocam a libertação para os ecossistemas aquáticos de grandes quantidades de nutrientes que ficam disponíveis para o crescimento do fitoplâncton (conjunto de algas microscópicas com pouco ou nenhum poder de locomoção, deslocando-se segundo o movimento da água, que inclui as algas verdes e as cianobactérias).
À medida que a produtividade do fitoplâncton aumenta, a transparência da água diminui, o que provoca uma diminuição na penetração da luz e afecta a comunidade de macrófitas (formas macroscópicas de vegetação aquática) submersas que vivem na zona litoral. Deste modo, a diversidade do habitat litoral diminui deixando de haver refúgios e/ou alimentos para muitos organismos, o que empobrece as comunidades de invertebrados e vertebrados.
Outra consequência do aumento da biomassa algal é a diminuição da capacidade de auto-purificação do sistema, ou seja, o poder de reciclar a matéria orgânica diminui, levando à acumulação de detritos e sedimentos. Num estado mais avançado a concentração de oxigénio vai diminuindo, a profundidade de compensação (profundidade à qual o consumo de oxigénio iguala a sua produção) diminui e as espécies que não conseguem tolerar concentrações de oxigénio baixas tendem a desaparecer, havendo uma nova redução na biodiversidade. O pH também se altera, passando de neutro ou ligeiramente alcalino a ácido, o que também pode afectar algumas espécies.