Os fungos produzem diversas substâncias defensivas, que utilizam como marcadores de território e como meio de defesa dos seus recursos alimentares. Estas substâncias, venenos, toxinas ou antibióticos, têm implicações muito importantes para o Homem.
Os fungos produzem vários produtos que afectam animais, plantas, microrganismos e até outros fungos. Estes produtos, por vezes considerados venenos, toxinas ou antibióticos, constituem verdadeiras defesas e marcadores de território, que repelem predadores, inibem o crescimento de outros organismos e, embora infectem plantas, acabam também por defendê-las de predadores, assegurando a sua continuidade como plantas hospedeiras.
Os fungos libertam enzimas para se alimentarem, que degradam os substratos em moléculas mais acessíveis que são depois absorvidas e assimiladas. Este sistema de alimentação envolve um grande investimento de recursos por parte dos fungos estando por isso necessariamente associada a mecanismos de defesa de território. De outro modo, outros organismos poderiam aproveitar-se da degradação do substrato, consumindo-o também. De um modo geral, três factores contribuem para a defesa do território: o sistema de enzimas degradativas está acoplado a um mecanismo de feed-back de modo que a produção de enzimas é controlada de acordo com a quantidade de recursos disponíveis, degradados e utilizados, a fase final da degradação é realizada por enzimas associadas à parede do fungo e o fungo produz antibióticos, toxinas ou outros produtos supressores do crescimento de outros organismos.
Antibióticos englobam, numa visão geral, tudo o que é prejudicial à vida, no entanto, vulgarmente referem-se a substâncias produzidas por microrganismos que prejudicam outros microrganismos. São vários os fungos que produzem antibióticos que actuam contra outros fungos, contra bactérias ou contra ambos (como o Penicillium e Streptomyces). Alguns têm vindo a ser produzidos industrialmente e usados em medicina por exemplo (a penicilina e a streptomicina, entre outros).
O efeito destes antibióticos na natureza é difícil de analisar pois eles são produzidos em muito pequenas quantidades e em locais muito específicos. A partir de estudos realizados em laboratório prevê-se que os antibióticos sejam produzidos em situações de limitação de nutrientes, sendo por isso importantes para o fungo em crescimento como meio de garantir o acesso aos recursos nutritivos ou como defesa de um recurso escasso. Por exemplo, os antibióticos produzidos por Aspergillus e Penicillium ajudam-nos a defender os grãos ricos em amido do ataque de outros microrganismos em condições de armazenamento, pois impedem o seu desenvolvimento.
Actualmente, para além do seu uso em medicina, muito do interesse dos antibióticos centra-se no seu potencial como agente biológico para controlar doenças de plantas. O fungo Trichoderma tem sido muito utilizado nesta área, foi um dos primeiros fungos conhecidos a produzir antibióticos e agora está disponível comercialmente para o controlo de doenças como a podridão cinzenta das uvas (provocada pelo fungo Botrytis cinérea). Tricoderma produz vários antibióticos que são activos contra fungos e bactérias. A sua actuação como bio-controlo baseia-se em promover a sua instalação nas culturas antes dos microrganismos patogénicos de modo a que ele produza antibióticos que defendem o seu alimento sem o prejudicar (a planta cultivada) e impedem que outros organismos se desenvolvam, é uma questão de defesa de território! Para além disto, o Trichoderma tem outros atributos para defender os seus recursos: cresce muito rapidamente, secreta enzimas (quitinases e glucanases) quando em presença de outros fungos que os degradam e as suas hifas enrolam-se à volta das dos fungos invasores penetrando-as e destruindo-as. Todos estes mecanismos de defesa do território tornam-no ainda um fungo oportunista eficiente (que coloniza substratos já infectados ou enfraquecidos por outros organismos) e um micoparasita importante por exemplo na cultura de cogumelos comestíveis. Micoparasitismo é definido simplesmente como um fungo que parasita outro. Então, de acordo com a definição geral de parasita, o fungo obtém nutrientes a partir das células vivas e funcionais do outro fungo (hospedeiro) com quem vive em íntima associação. Ele pode fazer isso matando as células do hospedeiro para depois se alimentar (parasita necrotrófico) ou absorvendo nutrientes das células vivas (parasita biotrófico).