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Joaquim José da Silva, após tirar os cursos de Medicina e Matemática na Universidade de Coimbra, juntou-se aos colegas Ferreira e Galvão da Silva no Palácio da Ajuda para prepararem a Expedição de História Natural ao Brasil. Ao fim de quatro anos de preparação José da Silva foi nomeado Secretário de Angola, mantendo as suas funções de naturalista, enquanto Galvão da Silva com cargo idêntico, prosseguiu uma expedição em Moçambique, e Ferreira seguiu para o Brasil.

José da Silva partiu de Lisboa, na Primavera de 1783, numa viagem de quatro meses até Angola, com Angelo Donati (naturalista e artista) e José António (artista). A equipa fez a primeira paragem em Benguela, permanecendo aqui durante 19 dias, sendo a única oportunidade, além da própria viagem, para Donati desempenhar as suas funções por vir a falecer pouco tempo depois. 
 
O naturalista seguiu depois para Luanda, com José António para explorarem a bacia do Rio Dande, em Cabinda, e envia um primeiro carregamento para Lisboa de espécimes recolhidos, que incluía minerais, um pequeno herbário de 37 espécies, os cornos de uma cabra de montanha, e uma nova espécie de manatim (Trihechus senegalensis). Seguem para Massangano, onde José da Silva fica doente e o seu artista morre.

 

 

No fim de Setembro de 1784, o naturalista regressa a Luanda, onde permanece com as funções de secretário do Governo até Maio de 1785, altura em que parte, com uma coluna militar, numa expedição com o objectivo de descobrir a foz do Rio Cunene. Esta expedição, de 2 anos, prosseguiu pelo interior, na savana do Sul de Angola, entre Benguela e o Cabo Negro na costa. Apesar de não chegarem a localizar a foz do rio, José da Silva preparou uma mapa e uma diário da expedição, onde menciona as espécies recolhidas com dificuldade, devido à falta de assistente, ataques de tribos e à seca. O carregamento de espécimes resultante da expedição era composto por duas caixas cheias, na maioria por flora e alguns minerais.