Curiosamente, mas não estranhamente, nos locais contaminados podem-se normalmente encontrar os organismos que são necessários! É esse também o caso da fitoremediação. No esteiro altamente contaminado que está a ser estudado na ESB, existem grandes manchas de caniçal (Fragmites australis). Estes juncos são dos principais responsáveis pela capacidade depuradora das zonas húmidas, retendo, inclusivamente, poluentes altamente tóxicos, como os metais pesados. Tal deve-se ao efeito rizosfera das suas raízes (associação destas com fungos; ver próximo parágrafo). Para avaliar a influência do caniçal, prevê-se escolher um elemento, como o mercúrio, e comparar a sua concentração em solos com e sem aquela vegetação, mas recebendo a mesma carga poluente. Os tecidos das plantas também serão analisados, de forma a avaliar a quantidade limite de poluentes que suportam. Serão realizados testes em laboratório.
O outro projecto em curso na ESB centra-se precisamente no efeito rizosfera, responsável pela captura de poluentes. As micorrizas são associações de fungos com as raízes de plantas, que cumprem importantes funções ecológicas (constituem um prolongamento das raízes, aumentando significativamente a sua área de influência e fornecendo nutrientes que de outra forma não estariam disponíveis). Vai ser analisada a capacidade depuradora do caniçal com e sem efeito rizosfera. Está ainda a ser investigada a possibilidade de se utilizarem zonas húmidas artificiais para o tratamento de águas residuais domésticas e industriais.