A campanha de recolha de sedimentos, águas superficiais e de profundidade, foi realizada em 19 pontos de amostragem, para avaliação das cargas poluentes de metais, dos conteúdos em matéria orgânica indiferenciada, dos valores de pH e da avaliação sedimentológica, com vista à execução de cartografia de distribuição mínima usando o Surfer e à identificação das origens de sedimentos e de cargas poluentes. Verificou-se para já, e só a partir da observação das amostras e pontos de recolha e da medição de pH, que na zona central do Braço da Barrosa o pH dos sedimentos ascende a 9 e, se libertou uma grande bolsa de metano dos mesmos, no acto da recolha. Sabe-se que tem havido desde sempre uma forte aporte de materiais contaminantes à lagoa, vindos das duas ETARs (Águas Santas e Foz do Arelho), de fábricas de cerâmica, produtos alimentares e agro-pecuárias.