Sempre se verificou um maior transporte de sedimento do mar e rios para a Lagoa, que desta para o mar. Entre 1917 e 1980, houve um total de sedimentação de 2.692.750 m3, um total de erosão de 250.500 m3 e um diferencial de entradas na lagoa de 2.442.250 m3. O material sedimentado por ano e por km2 equivale a cerca de 5538 m3. Há 4000 anos a Lagoa de Óbidos era 9 vezes maior que hoje e a Pederneira era navegável até Alcobaça. A Lagoa de Óbidos chegava ao castelo no tempo de D. Afonso Henriques e há 500 anos a Lagoa de S. Martinho estava a duas léguas de Caldas da Rainha. Tem-se verificado sistematicamente um assoreamento da zona da foz dos Rios Real e Arnóia e redução da área dos braços do Bom Sucesso e Barrosa. Quanto à aberta, esta desvia ciclicamente ora para Sul ora para Norte. A partir dos anos 80, efectuaram-se diversas dragagens com o objectivo de tentar evitar o progressivo assoreamento e o fecho da aberta. De 1995 para agora, verifica-se que houve um substancial assoreamento do corpo central da lagoa até junto à confluência dos dois braços, sendo que neste momento a zona de entrada dos braços tende a fechar. Desde a construção do paredão de definição do canal de entrada/saída de água da lagoa para o mar, tem aumentado substancialmente o processo de assoreamento, acompanhado de erosão da margem sul perto do Gronho.