São ainda de realçar, pela sua raridade, o junco-florido Butomus umbellatus, a estrela-de-água Damasonium alisma e a espada-de-água Sparganium erectum. Estre as espécies aqui existentes, estão presentes no Livro Vermelho das Plantas de Portugal a borrazeira-branca Salix salviflora salviflora, abrunheiro-bravo, gilbardeira e Narcisus bulbocodium.
Fauna
As aves constituem o principal valor do Paul do Boquilobo, sendo a principal razão pelo qual é classificado como Reserva Natural. Na Primavera forma-se uma importante colónia de garças e colhereiros, vindas em parte de África. No Outono-Inverno, o paul recebe populações de anatídeos do Norte da Europa, que aqui repousam e se alimentam. São aproximadamente 220 as espécies de aves que aqui ocorrem regular ou esporadicamente, representando 77% dos vertebrados existentes na Área Protegida.
O Paúl do Boquilobo alberga um maior número de espécies de ciconiiformes que qualquer outro lugar em Portugal. Na família dos ardeídeos, a garça mais comum é a garça-boeira Bubulcus íbis, seguida da garça-branca-pequena Egretta garzetta e do goraz Nycticorax nycticorax. Este foi o único local do país onde se registou a nidificação regular de papa-ratos Ardeola ralloides até 1991, sendo que este ainda pode ser observado esporadicamente. São ainda nidificantes na colónia a garça-vermelha Ardea purpúrea, com cerca de uma dezena de casais e o garçote Ixobrychus minutus. A garça-cinzenta Ardea cinérea é sobretudo invernante, não nidificando aqui. O colhereiro Platalea leucorodia nidifica igualmente em colónia, merecendo também algum destaque, uma vez que o Paúl constitui um dos poucos locais de nidificação desta espécie em Portugal. Todas estas espécies dependem de zonas permanentemente alagadas, instalando-se em maciços arbóreos (principalmente de salgueiros) ou sobre a vegetação aquática emergente como o bunho e caniço, sendo esta mais uma amostra da importância desta Reserva Natural como zona húmida a conservar. A população de cegonha-branca Ciconia ciconia tem vindo a aumentar, sendo esta uma espécie facilmente observável no ninho ou no campo a alimentar-se.
Tão importante como para as garças e colhereiros, o Paul do Boquilobo é um local por excelência para a invernada de anatídeos. Pelas suas características este é um local priviligiado de refúgio e alimentação para muitas espécies e, em certos anos, o número de aves invernantes atinge os 5 mil. Chegam por volta de Outubro/Novembro, permanecendo durante todo o Inverno. Na Primavera regressam ao Norte da Europa, coincidindo com a chegada das garças ao Paul. As espécies mais abundantes são a marrequinha Anas crecca, o pato-trombeteiro Anas clypeata, o arrábio Anas acuta, o zarro-comum Aythta ferina e o pato-real Anas platyrhynchos. É importante referir a presença da frisada Anas strepera, uma espécies de estatuto raro em Portugal e o facto de este ser um dos poucos locais de nidificação a nivel nacional de pato-de-bico-vermelho Netta rufina (estatuto Vulnerável), marreco Anas querquedula e zarro-comum. Apenas duas espécies permanecem ao longo do ano, nidificando com regularidade, sendo estas o Pato-real e o Zarro-comum. No Paul do Boquilobo os patos refugiam-se principalmente nas várzeas interiores rodeadas de salgueiros e freixos, que, deste modo, promovem protecção e abrigo não só da perturbação exterior como também de factores climatéricos.
Também as aves limícolas utilizam o paul como local de passagem nas suas migrações, ocupando as zonas temporariamente alagadas. Entre as 41 espécies identificadas, a maioria tem preferência por locais de vegetação escassa, rodeados por água ou próximo desta, de onde obtêm alimentos e também se protegem de eventuais predadores. Nidificam nesta Reserva Natural o borrelho-pequeno-de-coleira Charadrius dubius, o perna-longa Himantopus himantopus e a gaivina-dos-pauis Chidonias hybridus. Esta última espécie encontra no Paul um dos poucos locais em Portugal com condições propícias para a sua nidificação, ou seja, zonas com abundante vegetação aquática flutuante.
No Paúl do Boquilobo ocorrem, ainda, espécies cujo padrão de distribuição em Portugal é fragmentado e cuja abundância é muito baixa. São o caso da felosa-unicolor Locustella luscinioides, escrevedeira-dos-caniços Emberiza shoeniclus, pica-pau-malhado-pequeno Dendrocopus minor, tentilhão-montez Fringilla montifringilla, maçarico-preto Plegadis falcinellus, a já referida gaivina-dos-pauis, coruja-do-nabal Asio flammeus e águia-pesqueira Pandion haliaetus. Relativamente a esta última, tem sido registada mais frequentemente em anos recentes.