Mas não é o tanto o sal nem as plantas que levam as pessoas a visitar as salinas: é a avifauna que cada vez mais cativa as pessoas. As salinas do Samouco são um importante porto de abrigo para as mais variadas populações de avifauna mas é no inverno que podem ser observadas com regularidade mais de 15.000 aves. A localização das salinas na margem sul do estuário do Tejo confere-lhe grande importância como local de paragem de muitas aves migratórias, que ali param para nidificar.
Entre as cerca de 90 espécies que acorrem às salinas, destacam-se as garças, os pernilongos, a águia-pesqueira e o flamingo, “a ave que mais querem ver” como nos conta André Batista, responsável pelas visitas guiadas ao complexo e que já trabalha nas salinas há dois anos: “Rara foi a vez que não se viram flamingos numa visita guiada”. Para além daqueles que visitam as salinas por motivos de lazer, há cada vez uma maior procura por especialistas em aves: “Há uma procura muito grande por parte dos especialistas de aves (…) eles procuram outro tipo de aves que são mais difíceis de encontrar e de ver para o público em geral.”