Cada vez se torna mais comum, à superfície das lagoas e albufeiras, a ocorrência de grandes massas de algas - são as florescências de cianobactérias, mais conhecidas por blooms, que podem ter efeitos graves nos ecossistemas aquáticos.
As cianobactérias, anteriormente designadas por algas azuis, são um grupo primitivo de seres vivos, cujos componentes possuem uma estrutura celular procariota, como as bactérias. São organismos microscópicos fotoautotróficos, pertencentes ao fitoplâncton de águas doces, unicelulares, embora possam formar colónias filamentosas, tornando-se perceptíveis à "vista desarmada". Típicas de ecossistemas dulçaquícolas eutrofizados (com muitos nutrientes), as cianobactérias ocorrem especialmente em águas com velocidade de corrente pequena ou nula, como é o caso de lagoas e albufeiras. No entanto, podem também ocorrer em águas correntes, desde que existam locais de águas mais paradas. Podem desenvolver-se em grandes densidades, provocando as florescências, mais comumente conhecidas por blooms.
A crescente interferência do Homem no ambiente, materializada, por exemplo, na utilização de fertilizantes na agricultura, nas descargas de esgotos urbanos e na rejeição de efluentes de agro-indústrias e de outros sectores industriais, é o principal factor conducente ao enriquecimento das massas de água em nutrientes, especialmente na forma azotada (amónia e nitratos) e fosfatada. A eutrofização destes sistemas, coadjuvada por temperaturas elevadas e períodos longos de luminosidade, tal como se verifica desde o final da Primavera até ao fim do Verão, são as condições essenciais para que o desenvolvimento excessivo das populações de cianobactérias ocorra.
As consequências destas "explosões" de micro-algas são bastante diversificadas. Por um lado, a acumulação na superfície de grandes massas de cianobactérias diminui a radiação luminosa que atinge as águas mais profundas e, assim, é alterado todo o ecossistema em termos de produtividade. Por outro lado, no final do Verão, com a diminuição da temperatura e da intensidade e duração da luminosidade, coincidente, na maioria dos casos, com uma depleção dos nutrientes disponíveis na coluna de água, ocorre o colapso das florescência, o que significa que enormes quantidades de matéria orgânica são disponibilizadas, estimulando o crescimento de bactérias quimioheterotróficas, que a decompõem, consumindo, para isso, oxigénio. É por este motivo que se atribui a este colapso a desoxigenação das águas, responsável por elevadas mortalidades nas populações de animais aquáticos.
Outra das consequências dos florescimentos de cianobactérias traduz-se na alteração das características organolépticas da água e animais aquáticos, originada pela produção de certos compostos químicos aromáticos voláteis, por algumas espécies de micro-algas. Tais compostos, apesar de não terem efeitos nefastos em termos de saúde pública, conferem à água e animais que nela vivam, odores e sabores desagradáveis, o que conduz a uma diminuição da apetência para o seu consumo.
Mas o efeito mais grave resultante do desenvolvimento de blooms de cianobactérias é a produção de toxinas. Embora ainda mal definida, segundo alguns autores, esta produção não é mais do que um mecanismo defensivo contra o zooplâncton e outros herbívoros, garantindo aos produtores fraca apetência alimentar devida à toxicidade acumulada nas células, à semelhança do que fazem as plantas vasculares ao produzirem taninos, fenóis e outras substâncias para se protegerem da herbivoria. Deste modo, embora não contaminem o zooplâncton, aquando da morte das células por processos naturais, estas substâncias tóxicas são libertadas, e os seus efeitos podem ser dramáticos.