É possível encontrar, ainda, no domínio neustónico numerosas espécies que vivem no fundo estuarino – bentónicas, durante o período diurno e que efectuam migrações verticais durante a noite para se alimentarem.
Os grupos dominantes do holoplâncton pertencem aos Phylum: Sarcomastigophora, Cnidaria, Ctenophora (grupo maioritariamente planctónico), Nemertina, Annelida, Mollusca, Arthropodam, Chaetognatha e Chordata.
Nautilus
Na maioria dos sistemas estuarinos é a jusante que se verifica uma maior diversidade específica, tendendo a diminuir nas regiões intermediárias, sofrendo um ligeiro acréscimo próximo do limite superior do estuário, devido à presença de espécies dulciaquícolas.
A maior ou menor abundância de zooplâncton estuarino está relacionada com a turbidez da água, que funciona como um factor limitante da produção primária, e com as correntes que tendem a transportar os organismos para o domínio marinho. Este último factor é contrariado pelo facto dos zooplanctontes exibirem estratégias de retenção, que utilizam as correntes de entrada de água no estuário para lá permanecerem e evitam as correntes de saída de água, dirigindo-se para zonas mais profundas.