Da análise dos ciclos de maré verifica-se essencialmente que há pouca relação entre amplitudes de maré e distância ao mar, mas que estas são bastante grandes por comparação com as profundidades médias; verifica-se também que os atrasos aumentam com a distância ao mar e são mais pronunciados nas marés vivas e vazantes. Verifica-se que há correlação negativa entre a amplitude da maré e a duração da enchente. De tudo isto decorre que o efeito de fricção dos fundos muito baixos é bastante pronunciado, a crista da onda de maré desloca-se mais depressa que a sua base e surgem vazantes prolongadas e com fraca capacidade de transporte hidráulico e enchentes curtas e com maior capacidade de transporte. Isto é concordante com Aubrey & Friedrichs, WHOI, para planícies de inundação de grande dimensão, onde o efeito do atrito é importante, de acordo com os quais se trata de um sistema com DOMINÂNCIA DE ENCHENTE, com enchentes mais curtas e de maior velocidade, que tendem a preencher os canais e depressões. As geometrias destes sistemas são menos estáveis e tipicamente de águas pouco profundas, por comparação com a amplitude das marés. Têm pouca capacidade de armazenamento de água, nas zonas intertidais aplanadas e nas zonas alagadas. Ainda de acordo com os mesmos autores, com o aumento de profundidade ou a diminuição da amplitude das marés ou ainda, o aumento das áreas de armazenamento intertidais, aumenta o domínio da vazante. Sendo que é impossível alterar as amplitudes das marés, restam as outras duas possibilidades, que por sua vez podem colidir e provavelmente colidem, com a manutenção de habitats de pouca profundidade, indispensáveis para aves limícolas e funções de viveiro.
A campanha de recolha de sedimentos, águas superficiais e de profundidade, foi realizada em 19 pontos de amostragem, para avaliação das cargas poluentes de metais, dos conteúdos em matéria orgânica indiferenciada, dos valores de pH e da avaliação sedimentológica, com vista à execução de cartografia de distribuição mínima usando o Surfer e à identificação das origens de sedimentos e de cargas poluentes. Verificou-se para já, e só a partir da observação das amostras e pontos de recolha e da medição de pH, que na zona central do Braço da Barrosa o pH dos sedimentos ascende a 9 e, se libertou uma grande bolsa de metano dos mesmos, no acto da recolha. Sabe-se que tem havido desde sempre uma forte aporte de materiais contaminantes à lagoa, vindos das duas ETARs (Águas Santas e Foz do Arelho), de fábricas de cerâmica, produtos alimentares e agro-pecuárias.
Estão neste momento a ser desenvolvidos esforços pelas duas Câmaras mais próximas no sentido de evitar estes problemas, mas não há ainda nem da parte de Óbidos, nem da de Caldas, uma total resolução do problema, continuando a existir muitas ligações directas de esgotos a linhas de água, principalmente de agro-pecuárias na zona de Óbidos, que não passam por ETARs e, indústrias que não cumprem os requisitos mínimos de descarga nas mesmas – Cerâmicas Bordalo Pinheiro, Calimenta, Fábrica do Sabão e Fábrica das Velas entre outras.
Como conclusões pode-se dizer que: é essencial terminar a caracterização iniciada, definir zonas sensíveis, de acordo com a caracterização a executar, prevendo-se já o interior dos dois braços, aumentar o leque de ensaios a executar nessas zonas – tipificar e localizar a matéria orgânica presente, assim como as contaminações industriais, sondar se possível em zonas não dragadas para caracterização holocénica, sondar nas zonas sensíveis para caracterização sedimentar em profundidade dos aportes contaminantes e, planear as dragagens a executar em função destes dados, permitindo: