Para além do problema da satisfação actual das necessidades de água, coloca-se ainda o problema de algumas utilizações prejudicarem a sua qualidade, sendo esta muitas vezes restituída aos meios naturais com características que lhe são prejudiciais. É bem conhecida a poluição provocada pelos usos domésticos (p.ex. detergentes), agrícolas (p.ex. pesticidas e fertilizantes) e industriais (p.ex. produtos químicos vários).
Para além dos problemas de satisfação das necessidades de água, põem-se problemas contrários, relacionados com o excesso desta, que pode causar níveis freáticos prejudicialmente elevados, submersão, erosão dos solos e efeitos de corrente nos leitos de cursos de água.
Níveis freáticos que quase atinjam a superfície do terreno podem ocorrer nas zonas baixas, em consequência de dificuldades de drenagem subterrânea dos solos. A submersão pode ser causada pela acumulação do escoamento superficial produzido em zonas próximas, sem que seja assegurada a drenagem superficial necessária, ou por transbordamento dos leitos dos cursos de água.
A erosão hídrica provoca a perda de solos a jusante, em zonas de menor velocidade de escoamento, a deposição de sedimentos que podem contribuir para a degradação de solos cultiváveis, a subida de leitos fluviais, a obstrução de sistemas de drenagem artificial, a redução da capacidade de armazenamento de albufeiras e o assoreamento de estuários e portos. O excesso de água nos rios pode provocar erosão dos leitos e inundação dos terrenos marginais, com os consequentes danos em culturas, infra-estruturas, edifícios e equipamentos.