Em 1803 ocupa o cargo de Administrador das Ferrarias, sendo-lhe atribuídas tarefas de Silvicultura, essenciais ao funcionamento dos estabelecimentos industriais de Ferrarias. Na mesma ocasião é criado o cargo de Guarda-mor dos Bosques e Matos, que Andrada e Silva ocupa, e que deveria, a partir daí, ser sempre ocupado por pessoa zelosa na actividade e com conhecimentos na matéria. É encarregue da “plantação de pinhais nas parais do mar”, e em 1805 iniciam-se os primeiros trabalhos de fixação de dunas, com a implementação de tais pinhais de protecção, que visavam impedir o avanço das areias sobre as terras agrícolas. Estes trabalhos foram coordenados pelo Cabo de Guardas do Pinhal de Leiria, sob orientação de Andrada e Silva.
Andrada e Silva publica, entretanto, o primeiro livro português de Silvicultura, denominado “Memória sobre a necessidade e utilidade do plantio de novos bosques em Portugal”. O livro descreve uma floresta portuguesa destroçada, e em acelerado retrocesso, apesar das muitas Ordenações e Regimentos para a realização de sementeiras e plantações, e para a defesa e conservação da floresta e seus usos. Pelos seus escritos, Portugal nesta altura nem teria 10% do território arborizado, proporção que também ocorreria no território francês. Os alertas para a situação do sector e para as importâncias das florestas começam, então, a generalizar-se noutras memórias, elaboradas por outros autores. Em 1819, Andrada e Silva, acaba por regressar ao Brasil, onde abraça uma afamada carreira política.
Por esta altura acaba por haver a extinção das Coutadas e, com esta medida, a extinção do cargo de Monteiro-mor e seus subordinados. Em 1824 surge um novo regulamento para a denominada Administração Geral das Matas, que se mantém na dependência da Repartição da Marinha, mas que fica com as Matas da Real Coroa a seu cargo. Principalmente devido ao contributo reconhecido de Andrada e Silva, previa-se que o cargo de Administrador Geral deveria ser sempre ocupado por pessoa que possuísse estudos em Ciências Naturais e conhecimentos práticos de bosques e arvoredos. Este regulamento passa a exigir preparação cientifica e técnica para ocupação do cargo, apesar de ainda não corresponder à necessidade de existência de um Ensino Superior Florestal diferenciado em Portugal.
Sem Andrada e Silva, o Governo convida o engenheiro alemão Frederico Luis Guilherme Varnhagen a ser o primeiro Administrador Geral. Em 1836, Varnhagen publica o “Manual de instruções práticas sobre sementeira, cultura e corte de pinheiros, e conservação da madeira dos mesmos; indicando-se os methodos mais proprios para o clima de Portugal”, que representa uma competente e notável obra de Silvicultura, e clarifica um pouco a situação catastrófica da floresta portuguesa da altura. Tal como Andrada e Silva, Varnhagen referiu que a área arborizada deveria no seu todo ocupar apenas 10% do território do país, mas estaria presente de forma muito dispersa em cerca de 15% da área nacional.
Este livro de Varnhagen junta-se a outra grande contribuição para o progresso da Silvicultura portuguesa. Em 1828, Félix de Avelar Brotero, professor de Botânica e Agricultura na Universidade de Coimbra, publicara a sua “História Natural dos Pinheiros, Larices e Abetos”, divulgando importantes conhecimentos científicos e técnicos e reclamando por uma Administração Geral, idêntica à de outros países, com Regulamentos adequados às províncias nacionais e munida de Administradores e técnicos entendidos na matéria.
Nesta altura, a agricultura ocupava apenas cerca de 14% do território nacional, e como já se referiu, apenas outros 10% estariam arborizados, estando a grande parte reduzida a “charnecas e serranias estéreis”, completamente descobertas de árvores ou mesmo desnudadas de matos ou de outra vegetação mais consistente.