Existem, ainda, muitos aspectos referentes ao papel dos líquenes nos ecossistemas que devem ser salientados. Apesar de extremamente abundantes, eles são muito vulneráveis a alterações ambientais e, por isso, não é surpreendente que os habitats com maior diversidade de formas sejam os vestígios de florestas ancestrais e de outros ecossistemas não perturbados. Esta dedução parece tão clara, que os cientistas utilizam os líquenes como indicadores da qualidade ambiental, para os auxiliarem na identificação de áreas merecedoras de estatuto de protecção.
Os líquenes parecem pequenas "esponjas vivas", tomando quase tudo o que vem ao seu encontro, incluindo a poluição atmosférica. Actualmente, eles são utilizados como bioindicadores, pois através de análises químicas é possível avaliar a extensão da deterioração da qualidade do ar, já que obtêm a maior parte da humidade através do ar e não através do solo.
Em termos de relações tróficas, os líquenes desempenham um papel relevante, já que em muitos casos eles constituem a base das cadeias alimentares. Muitas espécies de invertebrados (insectos, aranhas, gastrópodes, etc.) utilizam os líquenes como abrigo e alimento. Existem mesmo insectos que os mimetizam, como é o caso das borboletas que pousam sobre troncos de árvores com líquenes, e que deste modo tentam evitar a detecção pelos predadores. As propriedades isolantes dos líquenes são igualmente aproveitadas, numa grande diversidade de ecossistemas, por muitas espécies de aves, que os utilizam na construção dos seus ninhos.
No entanto, existem alguns perigos da inclusão de líquenes na alimentação, o que de forma indirecta atinge o Homem (que se alimenta de carne de cervídeos) - é que eles absorvem e acumulam radioactividade, muito mais do que as plantas vasculares, e passam-na através das cadeias alimentares. Por este motivo, após o desastre de