Investigações recentes vêm mostrar que a relação entre algas e fungos é muito mais complexa do que pode parecer à primeira vista. Como não existem relações perfeitas, existem evidências de que as algas, apesar de receberem água e sais minerais de tempos a tempos, são praticamente exploradas, uma vez que os fungos levam mais de 50% do alimento por elas fabricado. Neste sentido, esta relação assemelha-se mais a uma relação de parasitismo do que de simbiose, em que os fungos parecem "cultivar" os seus parceiros, impondo-lhes a produção de alimento através da fotossíntese. É por este motivo que a alga de uma parceria é capaz de ter existência própria e cresce mais rapidamente se tal acontecer, o que não ocorre com o fungo. Desta forma, ele deverá ser considerado o dominador, que defende a vida mantendo a alga presa. Em circunstâncias realmente difíceis, o fungo pode chegar a matar e a digerir algumas células da alga, confirmando, assim, o seu domínio.
Mas qualquer que seja o tipo de relação, o que é facto é que, em parceria, alga e fungo desempenham um papel inestimável ao mundo vivo. Estabelecem-se em alguns dos mais hostis ambientes do planeta, onde mais nada consegue alimentar-se e, quando morrem, o pó a que são reduzidos ainda pode fornecer o alimento necessário ao estabelecimento de um ser vivo autotrófico. Em termos ambientais são pioneiros intrépidos, auxiliando no processo de formação dos solos e da sua estabilizacão contra a erosão da água e do vento. Quando as associações são estabelecidas com algas azuis, devido à sua capacidade de fixar e incorporar o azoto atmosférico nos compostos que produzem, estes líquenes são responsáveis por um enriquecimento do solo em nutrientes azotados, o que é extremamente importante em regiões desérticas.
Como adaptação à vida em habitats marginais, os líquenes produzem um arsenal de mais de 500 compostos químicos únicos, que servem para controlar a exposição à luz, repelir herbívoros, matar micróbios atacantes e desencorajar a competição com plantas. Entre estes compostos destacam-se pigmentos que têm sido empregues, desde a Antiguidade, na indústria têxtil, substâncias com propriedades antibióticas, utilizadas na produção de fármacos e nas medicinas alternativas, e outras aplicadas na perfumaria. Até os compostos venenosos produzidos são aproveitados por determinadas tribos de índios, que os colocam nas pontas das setas que utilizam para caçar.