Apesar deste cenário que já prenunciava uma situação critica para a espécie, apenas nos finais da década de 90 foi assumida a preocupação nacional com a espécie e foi promovida uma avaliação da situação populacional do lince (Programa Liberne – Instituto de Conservação da Natureza). Os resultados dessa avaliação (Ceia
et al. 1998), baseada em métodos – inquéritos orais validados e indícios de presença - consensuais no estudo de mamíferos de hábitos elusivos e em situação de baixa densidade (Wilson
et al. 1996), vieram confirmar o declínio generalizado da espécie ainda que identificassem outras áreas de ocorrência da espécie para além das já mencionadas (Malcata, São Mamede, Vale do Sado, Vale do Guadiana e Algarve Odemira) e um efectivo populacional dentro do valor proposto por Palma (1980). De ressaltar ainda a estreita ligação de alguns destes núcleos com áreas de ocorrência da espécie em território espanhol (Rodríguez e Delibes 1996).
Mais recentemente, e na sequência dos avanços tecnológicos no domínio da biologia molecular que permitem a identificação da espécie a partir de ADN extraído de amostras fecais, o Instituto de Conservação da Natureza (ICN) apostou nesta nova metodologia e intensificou a recolha de potenciais excrementos no terreno e a respectiva análise (Pires e Fernandes 2001). Os resultados não foram animadores e suscitaram a necessidade de efectuar uma nova avaliação da situação populacional do lince.