Ao nível da paisagem, a gestão florestal ao alterar biótopos como as matas ripícolas e alguns sistemas dulçaquícolas, poderá induzir perturbações nas zoocenoses. No caso particular das galerias ribeirinhas, é desejável que sejam conservadas, e quando possível, ocorra um fomento dessas áreas. Esta situação não implica a interdição do aproveitamento económico dos recursos lenhosos, contudo, deve ser definida uma faixa estreita não explorada na orla do curso de água, favorecendo a existência de árvores com cavidades e a maior disponibilidade de resíduos lenhosos no solo. Na restante área rípicola, as revoluções podem ser alargadas, efectuando a exploração lenhosa através de cortes sucessivos ou salteados, de forma a criar uma estrutura jardinada ou mista, e preferencialmente dominada por folhosas. Outras estruturas que podem sofrer alterações derivadas da exploração silvícola são os pontos de água (e.g., albufeiras, pequenas lagoas e charcas). Estes locais devem ser mantidos e se possível fomentados, uma vez que disponibilizam um recurso – a água – essencial à sobrevivência da fauna silvestre, isto para além de serem um potencial habitat para diversos taxa (e.g., patos e outras aves aquáticas). Paralelamente, são bastante importantes como estruturas de auxílio no combate aos incêndios florestais.
As operações silvícolas podem influenciar negativamente as actividades reprodutivas dos vertebrados – a nível do habitat e dos períodos de reprodução –, devendo ser implementadas algumas medidas que mitiguem os possíveis impactes. Por exemplo, aquando de cortes de realização em pinhais, devem permanecer 1 a 2 árvores com DAP superior a 45 cm, para funcionarem como suporte físico para a construção de ninhos. Outra medida básica, sobretudo direccionada para as aves de rapina, é não efectuar o corte de árvores que possuam ninhos de grandes dimensões. No que concerne aos períodos de nidificação, devem ser suspendidas as operações de exploração florestal em redor dos ninhos, existindo distâncias sugeridas conforme as espécies da avifauna presentes. Relativamente às espécies de caça maior, nomeadamente os cervídeos, para evitar perturbações é desejável que sejam suspensas as intervenções silvícolas nas épocas de cio e de parto.
A aplicação do conjunto de técnicas sugeridas é geralmente efectuado à custa da redução do número de árvores, e consequentemente da produção lenhosa, contudo, não deve afectar a sustentabilidade económica das explorações florestais. Por outro lado, os prejuízos resultantes da diminuição do volume de lenho são compensados por alguns benefícios que a fauna silvestre proporciona, nomeadamente o aspecto sanitário do controlo de pragas e a rentabilidade económica proveniente da actividade cinegética e do ecoturismo.
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