O bem estar está relacionado com o conforto fisico e mental. Conforto mental é um estado que, sem dúvida, está relacionado com a condição fisica do animal, mas não apenas com esta. Entretanto, a manifestação de certos comportamentos evidencia-se pelo desconforto, inclusive mental. A privação de estimulos ambientais (ambiente monótono, falta de substratos como palha ou terra, etc.) leva à frustração, que se pode reflectir em comportamentos anómalos ou estereotipados. Conforto físico implica que o animal esteja saudável e em bom estado corporal. Porém, o animal pode estar em óptimas condições físicas, estar saudável e bem nutrido, mas a sofrer mentalmente.
Com efeito, o stress, tem sido empregue como o principal indicador e mecanismo de avaliação do bem estar animal. O stress é uma consequência, não a causa. Podemos definir o stress como uma reacção do organismo a estímulos ambientais, numa tentativa de manter a homeostase, o equilíbrio. Nesse sentido, o stress é benéfico e tem valor adaptativo. No entanto, o stress crónico leva a uma outra reacção, conhecida como «desistência aprendida». Esta condição tem inumeras consequências para o organismo animal: maior fragilidade do sistema imunológico, aumentando a susceptibilidade a doenças, redução da produtividade em alguns casos, e a ocorrência de comportamentos anómalos.
Os estudos efectuados no âmbito do bem estar dos animais contemplam as necessidades, liberdades, felicidade, adaptação, controle, capacidade de previsão, sentimentos, dor, ansiedade, medo, tédio, stress, assim como a própria saúde fisica dos animais em questão. O tema bem estar animal tem vindo a receber uma crescente atenção nos meios técnico, ciêntifico e académico, juntamente com as questões ambientais e a qualidade e segurança alimentar. É crescente a preocupação e interesse dos médicos veterinários neste tema e a consequente valorização do bem estar aplicado aos animais.
Aos poucos, Portugal vai abrindo portas ao conceito e preocupações éticas e técnicas relativas ao bem estar animal e à protecção legal dos animais. Apesar de hoje em dia a protecção do bem estar animal se aplicar praticamente só à produção animal, e subsequentemente à qualidade dos alimentos por eles produzidos, este conceito ganha cada vez mais peso no mapa moral da população portuguesa, tanto mais que a ética tradicional condena a crueldade e os maus tratos contra os animais.