As espécies de cogumelos têm um padrão de ocorrência anual muito característico, o qual é determinado em grande medida pelo regime de pluviosidade e temperatura. A limpeza do subcoberto parece provocar uma forte perturbação nas comunidades de cogumelos, havendo contudo no caso dos ectomicorrízicos uma recuperação relativamente rápida (10 anos), provavelmente devido à manutenção de refúgios nas raízes das espécies arbóreas que não são afectadas pelas intervenções (sobreiro e, por vezes, medronheiro). O efeito parece ser mais forte e a recuperação mais lenta no caso dos sapróbios (30-40 anos), provavelmente devido à forte redução da camada orgânica do solo. Tanto nos ectomicorrízicos como nos sapróbios, o número de carpóforos parece reduzir-se a partir dos 40 anos, possivelmente devido aos efeitos do maior ensombramento e à eventual modificação das características da folhada. Desconhece-se contudo se esta menor abundância terá uma correspondência na redução da diversidade de espécies de cogumelos ao nível do solo, ou se se trata apenas de uma diminuição da frutificação. De qualquer das formas, verificou-se que nas parcelas onde as intervenções foram efectuadas há mais tempo frutificam taxa que não foram encontrados em parcelas intervencionadas mais recentemente, o que significa que estas parcelas poderão representar elementos essenciais para a conservação da biodiversidade de cogumelos à escala da paisagem.
Borboletas
As borboletas desempenham um papel importante nos ecossistemas terrestres, não só por serem elementos vitais na cadeia trófica, mas também por darem um inestimável contributo para a polinização das plantas. Como têm vida curta, e portanto muitas gerações em pouco tempo, permitem a rápida acumulação de informações taxonómicas, ecológicas e evolutivas, tornando estes insectos ideais para o estudo da dinâmica de populações. Certas espécies dependem exclusivamente de uma planta, tornando-as muito sensíveis às alterações do meio, sendo por isso consideradas indicadoras da qualidade ambiental e da integridade das paisagens naturais. Este facto faz com que os estudos de monitorização dos lepidópteros numa determinada área sejam muitas vezes utilizados como ferramentas indispensáveis na biologia da conservação. Na Serra do Caldeirão foram inventariadas 43 espécies de borboletas diurnas.
A abundância de borboletas varia muito ao longo do ano, sendo normalmente mais abundantes no final da Primavera e início do Verão. Durante a Primavera a comunidade de borboletas é dominada pelas espécies, Gonepteryx cleopatra, Gonepteryx rhamni, Lasiomata megera, Melanargia ines, Papilio machaon, Euphydryas aurinia, Thymelicus acteon e Thymelicus sylvestris; enquanto no Verão, encontram-se apenas espécies características, são elas Charaxes jasius, Hyparchia statilinus e Hyparchia fidia. A composição e estrutura das comunidades de borboletas são também muito influenciadas pela gestão da vegetação do subcoberto. As parcelas onde a limpeza do subcoberto é recente possuem uma elevada abundância e riqueza de borboletas. Esta associação parece resultar do aparecimento de um elevado número de herbáceas em flor nas parcelas recentemente limpas. No entanto, algumas espécies surgem associadas a sobreirais bem estruturados surgindo apenas em parcelas onde as limpezas do subcoberto ocorreram há mais tempo como sejam Coenonympha pamphilus, Colias croceus, Iphiclides feisthamelii e Hipparchia fidia.