Pode-se ainda acrescentar uma quarta diferença com o exterior, a acentuação do factor isolamento. Qualquer caverna, do ponto de vista biológico, é uma ilha. Um sistema cavernícola pode ser considerado como um arquipélago. Tal como nas ilhas oceânicas, as populações estão sujeitas a um isolamento mais ou menos acentuado de outras populações da mesma espécie, pois o ambiente que rodeia o seu habitat é-lhes inóspito e muitas vezes impossível de transpor. Assim, muitas populações de espécies troglóbias permanecem isoladas do contacto com outras populações da mesma espécie, o que com o passar do tempo (milhares ou milhões de anos) e o consequente afastamento a nível genético dá origem a especiação, ou seja, formação de novas espécies já sem capacidade de se cruzarem. Estas espécies muito provavelmente apresentarão características morfológicas bastante distintas, nomeadamente nos órgãos reprodutores. Estão ainda muitas vezes confinadas a uma caverna ou sistema cavernícola, contando com um número relativamente restrito de populações ou mesmo de indivíduos. Cumprem assim as três formas de raridade reconhecidas, com baixa abundância, distribuição limitada e habitat restrito. Dada esta raridade natural das espécies e fragilidade de tais sistemas, estando ainda para mais dependentes do exterior, é fácil perceber porque uma grande parte das espécies mais ameaçadas a nível mundial em muitos grupos animais são cavernícolas. Para além da sua raridade e vulnerabilidade, os troglóbios são extremamente úteis para se perceber muitos dos mecanismos de evolução e especiação, permitindo dar novas perspectivas a muitas das questões mais pertinentes que se têm posto. Cada gruta pode assim ser considerada um autêntico laboratório vivo, laboratório esse, que ademais, constitui sempre um novo e único desafio para os investigadores. Por tudo isto, nunca é demais enfatizar a importância dos ecossistemas cavernícolas para qualquer estratégia de conservação e outros campos científicos relacionados.
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