Passados poucos anos, fruto da sua desmotivação para gerir a propriedade e após uma série de negócios mal sucedidos, acaba por vender a propriedade. Casa-se aos 23 anos com a filha de um Inglês, que o encoraja a prosseguir com a sua verdadeira paixão pelo mundo natural.
Audubon perde-se a observar a natureza, entretém-se a marcar aves com fio de prata nas patas, observa os seus comportamentos, e naturalmente desenha-as. Para o efeito captura ele próprio e a tiro os espécimens mas, ao invés da maioria dos ilustradores até à época, não embalsa as aves, limitando-se a prendê-las com alguns arames a uma prancha branca, por vezes com uma grelha para o ajudar nas proporções. Audubon argumentava que este método lhe permitia obter poses muito mais dinâmicas do que as que até então tinham sido feitas. Audubom foi criticado durante o seu tempo por alegada falta de rigor científico e modernamente pelos abates de que foi responsável. No entanto, na época os métodos que utilizou estavam generalizados à maioria dos naturalistas.
Mais tarde, abre com um sócio uma loja no Kentucky, para onde se muda. Nessa loja viria a passar-se um episódio curioso: um dia, Audubon ainda um anónimo, recebe por acaso Alexander Wilson, à data o mais proeminente ilustrador de aves da América. Mostraram reciprocamente o trabalho de ambos e é possível que ao comparar a sua obra com o do mestre, Audubon tenha ganho ainda mais ânimo para prosseguir o seu trabalho.