A sua preocupação ao longo de 45 anos de actividade profissional, 38 dos quais dedicados ao ensino, foi a de fazer escola dando início ao estudo, sob o ponto de vista ecológico, de assuntos a que não tinha ainda sido dada atenção em Portugal e cujo interesse profissional, científico e cultural há muito o justificava, como o caso das biocenoses das árvores de maior interesse económico em Portugal; da bioecologia e profilaxia de algumas das principais pragas; da utilização das aves na luta biológica; da fauna do solo; dos insectos prejudiciais às bibliotecas e arquivos; dos xilófagos marinhos; da utilização dos raios X para detecção e observação de ataques ocultos de insectos na madeira; dos insectos que atacam as árvores queimadas; dos aspectos ecológicos da protecção da Natureza e da evolução histórica e ecológica da fauna e flora florestais, particularmente no caso de Portugal continental. Procurou ainda contribuir para o desenvolvimento de estudos ligados aos diversos campos da Silvicultura. Paralelamente, dedicou-se ao desenvolvimento de estudos de algumas das principais pragas agrícolas, em especial dos produtos agrícolas secos e armazenados.
Carlos Baeta Neves publicou cerca de 200 trabalhos de carácter científico e cerca de 850 de divulgação, sempre sobre os temas de Silvicultura, Entomologia Florestal, Cinegética e História Florestal, Aquícola e Cinegética. Iniciou tantas linhas de investigação científica e apoiou tantos jovens investigadores, que até houve quem lhe desse o cognome de "o abre-portas".
Ao longo da sua actividade profissional, realizou oficialmente diversas viagens de estudo na Europa, nos Estados Unidos e em África.
Integrou o grupo, reunido por sua iniciativa, que fundou a Liga para a Protecção da Natureza. Fez ainda parte de inúmeras academias científicas e culturais nacionais e estrangeiras.
Recebeu em 1989 o prémio "Johann Wolfgang von Goethe", atribuído a quem mais se distinguisse na defesa da Natureza e da paisagem na Europa. Foi agraciado com a Grã-Cruz da Ordem de Instrução Pública em 1990 e com a Grã-Cruz de Mérito Agrícola e Industrial (Classe de Mérito Agrícola) em 1991.
Faleceu na Parede em 2 de Julho de 1992.