As alterações climatéricas que têm ocorrido nas últimas décadas agravam situações de seca, provocando o desaparecimento de zonas húmidas pondo em perigo todas as espécies que delas dependem, como é o caso do Papa-ratos que prefere áreas de climas quentes, onde este problema tem sido mais acentuado.
O Livro Vermelho dos Vertebrados de Portugal atribui a esta espécie o estatuto indeterminado; de facto é descrita como pouco abundante sendo desconhecida a sua tendência populacional. É considerada mais rara no Norte do país do que no Centro e Sul, regiões onde é provável que nidifique, facto que só foi confirmado no Paúl do Boquilobo. No entanto, existem observações de indivíduos em plumagem nupcial noutros locais (ex.: Estuário do Tejo, Ria Formosa), embora de forma esporádica e irregular.
No Paúl do Boquilobo, a população nidificante de Papa-ratos tem vindo a decrescer desde os anos '60, altura em que foram estimados cerca de 10 a 15 casais. A última confirmação de nidificação data do início dos anos '80, porém o facto de, esporadicamente serem feitas observações de indivíduos em plumagem nupcial leva a supôr a existência de alguns casais que aí nidifiquem. A falta de registos de observações que confirmem a nidificação desta ave deve-se a dificuldades de ordem vária: baixo efectivo em relação ao número total de aves existentes na colónia; natureza esquiva e hábitos crepusculares; inacessibilidade da colónia, agravada pela proliferação do Jacinto-de-água.
Tendo em conta a situação precária desta espécie em Portugal e a quase inexistência de informação, torna-se urgente desenvolver projectos que permitam a curto prazo acumular conhecimentos sobre ela, com o objectivo de tomar as medidas conservacionistas adequadas. Deste modo, sugere-se a inventariação dos locais potenciais onde pode nidificar sabendo qual o habitat preferido. Depois de confirmada a sua presença, devem realizar-se censos para a determinação de parâmetros populacionais (abundância, densidade populacional e nº de casais reprodutores), mas com extremo cuidado uma vez que a simples aproximação pode levar ao abandono da área de reprodução, mesmo que esteja a ser utilizada há vários anos. Por esta razão são fortemente desaconselhadas técnicas de anilhagem e armadilhagem. É importante organizar um plano de monitorização para detectar as tendências populacionais e evitar o desaparecimento da espécie. Face ao que foi anteriormente referido sobre a utilização de arrozais como zonas de alimentação e seu impacto negativo sobre a ornitofauna, é urgente implementar medidas racionais de gestão para práticas agrícolas sensíveis do ponto de vista ambiental.