A população de Airos foi outrora numerosa. Contava, nos anos trinta, com 6000 casais, mas ao logo das últimas décadas sofreu um declínio que já quase os levou à extinção. A sensibilidade desta espécie neste local não é alheia ao facto de esta ser uma área muito periférica da sua distribuição. Alguns factores que podem ter contribuído para este declínio podem estar relacionados com a poluição, com a sobrexploração dos oceanos, com mudanças climáticas e com a pressão imposta pelo número crescente de Gaivotas. Em contrapartida, a população de Pardelas conta, actualmente, com um efectivo bastante mais numeroso, com uma ligeira tendência para crescer.
Para além destas espécies, as Berlengas acolhem ainda a única população da Europa Continental de Paínho-da-Madeira, a maior população nacional de Corvo-marinho-de-crista, os únicos casais de Gaivota-de-asa-escura que se reproduzem em Portugal, e a maior colónia da Gaivota-argêntea do país, com mais de 10 000 aves. A dimensão da população de Gaivotas da ilha ultrapassa a sua capacidade de suporte dentro dos limites do equilíbrio ecológico, pelo que naquele local esta espécie pode ser classificada como uma praga. Para responder a este problema, a Reserva levou a cabo, durante a década de noventa, uma polémica campanha de controle. Aparentemente, o factor que terá levado a este crescimento populacional terá sido a existência de lixeiras no continente, que fornecem quantidades ilimitadas de alimento às oportunistas Gaivotas. Nesta medida, qualquer campanha de controle que não passe pela erradicação ou diminuição desse inesgotável recurso, parece estar votada ao fracasso. Para além das aves marinhas, a Berlenga serve ainda de refúgio para os Falcões-peregrinos, para os Peneireiros, para os Rabiruivos e para muitas aves migradoras.