A separação do Arquipélago das Berlengas do resto do continente deu-se durante o Jurássico. As ilhas formam unidades geográficas muito particulares, em que a interferência do exterior é bastante reduzida. Daí que nestes casos as espécies, em particular as que têm menor mobilidade, como as plantas ou alguns vertebrados terrestres, tendam naturalmente a evoluir num sentido que dificilmente coincide com o das populações das quais provêem e que ficaram no continente. Este fenómeno, a que se chama especiação, faz com que muitas ilhas sejam áreas importantes para endemismos, ou seja, espécies que não existem em mais nenhum outro lugar.
Também a Berlenga não é excepção e aqui, entre as cerca de 100 espécies que constituem a sua flora, encontram-se três espécies que não ocorrem em mais nenhum outro lugar no mundo: a Armeria berlengensis, a Herniaria berlengiana e a Pulicaria microcephala. Por esta razão, a flora da ilha é uma das suas grandes riquezas que, infelizmente, apesar de se encontrar numa zona protegida, está presentemente bastante ameaçada pela presença de animais herbívoros, como o Rato-preto e o Coelho, pela competição com espécie vegetais invasoras exóticas, como o Chorão, e pela nitrificação do solo, causada pelos excrementos da excessiva população de Gaivotas. Apesar da sua relativa diversidade, entre as plantas existentes no arquipélago não se encontra nenhuma espécie arbórea e, por isso, a paisagem é fortemente marcada por uma vegetação rasteira, composta por plantas de porte herbáceo e arbustivo.