No que se refere às aves, das quais já foram identificadas cerca de 110 espécies, aproximadamente um terço do total das espécies que se podem encontrar em Portugal Continental, a serra da Aboboreira é especialmente importante como rota da migração outonal, designadamente de rapinas e passeriformes, embora apresente um conjunto de habitats que a convertem, igualmente, num espaço relevante para as espécies tidas como nidificantes, situação, de resto, comprovada pelo facto do conjunto dessas aves corresponder a 37% do total das espécies nidificantes descritas para o território continental e a 24% das aves mencionadas no Livro Vermelho dos Vertebrados de Portugal, destacando-se, de entre estas, o tartaranhão-caçador (Circus pygargus), a águia-cobreira (Circaetus gallicus), o noitibó-europeu (Caprimulgus europaeus) e o torcicolo (Jynx torquilla).